Jan Pirner studiował język czeski i literaturę oraz wychowanie muzyczne na Wydziale Pedagogicznym Uniwersytetu Karola (2002–2008), a równolegle muzykologię na Wydziale Filozoficznym tej samej uczelni (2003–2006). W latach 2010–2022 pełnił funkcję dyrektora Praskiego Chóru Kameralnego, z którym odbył liczne tournée po większości krajów Europy, a także po Japonii, Makau i Libanie, wielokrotnie uczestnicząc w renomowanych festiwalach muzycznych, takich jak Rossini Opera Festival czy Wexford Festival Opera.
W latach 2012–2018 pracował w Zakładzie Historii Muzyki Instytutu Etnologii Czeskiej Akademii Nauk jako redaktor naukowego czasopisma Hudební věda (Muzykologia) oraz uczestniczył w badaniach nad twórczością Antonína Dvořáka. Od 2012 roku jest zatrudniony w obecnym Narodowym Instytucie Kultury (wcześniej NIPOS), gdzie pełni funkcję opiekuna biblioteki muzycznej, redaktora chóralnej serii wydawniczej Polyhymnia Bohemica oraz specjalisty do spraw chóralistyki dziecięcej i dorosłych.
Z muzyką związany jest od najmłodszych lat – najpierw jako członek chłopięcego chóru Pueri gaudentes, a później jako członek lub gościnny śpiewak w profesjonalnych chórach i zespołach kameralnych, takich jak Praski Chór Filharmoniczny, Praski Chór Kameralny czy Mieszany Chór Kühnów. Od 2012 roku jest dyrygentem dziecięcego chóru Radost Praha, z którym regularnie bierze udział w konkursach i koncertach w kraju i za granicą (Bałczik, Bratysława, Kowno, Limburg-Lindenholzhausen, Montreux, Neerpelt, Preweza, Rimini, Sopot, Warszawa) oraz uczestniczy w ważnych festiwalach muzycznych, takich jak Dvořákova Praha, Smetanova Litomyšl, Prague Sounds czy Dni Bohuslava Martinů.
W 2015 roku założył dziewczęcy chór kameralny Vokalion Praha, który z powodzeniem wziął udział w World Choral Championship w Tajpej w 2025 roku.
Za swoją działalność dyrygencką otrzymał wiele nagród, w tym nagrodę dla najlepszego dyrygenta na festiwalu Kaunas Cantat na Litwie (2016) i na Rimini International Choral Competition (2025), Nagrodę Rady Dzielnicy Praga 7 za zasługi dla kultury (2016) oraz nagrodę Sbormistr junior (2016) przyznawaną przez Unię Czeskich Chórów.
